In seltenen Fällen kann es sein, dass Änderungen im IIS nach Ausführung eines iisreset nicht mehr vorhanden sind. Microsoft hat zu dem Phänomen einen KB Artikel verfasst:

IISReset May Not Save IIS Configuration Changes

Nachdem die Einstellungen dann einmal korrekt in die Metabasis übernommen worden sind sollte später ein iisreset kein Problem mehr sein.